Truva atları kullanıcının kendisinden saklanarak görevini yerine getirir.Virüsler kişisel bilgisayarlara yeteri kadar hasar verirken küçük şirketler için hasar verme oranı çok daha büyük olacaktır çünkü büyük şirketlerin sahip olduğu virüs koruma sistemlerine sahip değildirler.Bir truva atı sisteminize bulaştığı zaman kendini kamufle ettiği için kendinizi veya şirketinizi korumanız oldukça güç olacaktır fakat yine de koruma yöntemleri mevcuttur: Truva atları genel olarak e-posta yoluyla bulaşmaktadır aynı diğer zararlı çeşitlerinde olduğu gibi ancak tek bir farkları vardır truva atları genelde kamufledir.

Truva atından korunma yolları:
1.Tanımadığınız birinden bir e-posta alırsanız veya bilmediğiniz bir ek alırsanız kesinlikle açmayın.Bir e-posta kullanıcısı olarak mutlaka kaynağı teyit edin. Bazı bilgisayar korsanları adres defterlerini çalabilir bu yüzden tanıdığınız birinden bir e-posta alırsanız bu onun güvenilir olacağı anlamına gelmez
2.E-posta ayarlarınız yaparken eklerin otomatik olarak açılmayacağından emin olun. Bazı e-posta servis sağlayıcıları kendi bünyesinde ekleri açmadan önce virüs taraması yapılmasını sağlayan programlar sunar.Eğer servis sağlayıcınız bu hizmeti sunmuyorsa ücretsiz bir tane kullanmak veya satın almak mantıklı olacaktır.
3.Bilgisayarınızın bir antivirüs programına sahip olduğunu ve düzenli olarak kendini güncelleştirdiğinden emin olun.Eğer antivirüs programınızın otomatik güncelleme seçeneği varsa aktif edin.Bu yolla güncellemeyi unutsanız bile yine de tehditlerden korunmuş olacaksınız.
4.İşletim sistemleri kullanıcılarını kesin tehditlerden korumak için güncellemeler yayınlarlar.Microsoft gibi yazılım geliştiricileri Truva atı veya virüslerin kullanabilecekleri açıkları kapatabilmek için yamalar yayınlarlar. Eğer sisteminizi bu yamaları kurarak güncel tutarsanız bilgisayarınız daha güvenli olacaktır. Bununla beraber not olarak bu yamalar sistemlerde daha tehlikeli güvenlik açıklarına neden olabilmektedir.
5.Peer to peer veya yerel ağı paylaşan Kazaa,Limewire,Ares ve Gnutella gibi programların kullanımının kısılması faydalı olur.Çünkü bu programlar genellikle virüs veya truva atı gibi programlarının yayılması konusunda korumasızdırlar. Bu programlardan bazıları virüs koruma programı barındırmasına rağmen içindeki virüs koruması çok da güçlü değildir.Eğer bu tip programları kullanıyorsanız nadir bulunan kitap, şarkı, resim veya filmleri indrmeniz çok da güvenli olmayacaktır. Bu hassas önlemlerin dışında ücretsiz olarak da bulunabilen bir anti-trojan programı da yüklenilebilir.